ԳՊՀ խորհուրդը բուհի կոլեգիալ կառավարման մարմինն է, որը, կառավարության որոշմամբ, ձևավորում է 5 տարի ժամկետով: Խորհուրդը քննարկում և հաստատում է ԳՊՀ բյուջեն, ԳՊՀ զարգացման ռազմավարական ծրագրերը, լսում և գնահատում է ԳՊՀ տարեկան գործունեության վերաբերյալ ռեկտորի հաշվետվությունը, ընտրում է ԳՊՀ ռեկտորին: ԳՊՀ խորհուրդը ձևավորվում է բուհի պրոֆեսորադասախոսական կազմի (25%), սովորողների (ուսանողներ, 25 %), ինչպես նաև հիմնադրի (ՀՀ կառավարություն) ու լիազորված մարմնի (ՀՀ կրթության և գիտության նախարարություն) ներկայացուցիչներից (25%):
ԳՊՀ խորհուրդը կազմված է 20 անդամից:
ԳՊՀ ռեկտորը չի կարող լինել ԳՊՀ խորհրդի անդամ: Նա խորհրդի նիստերին մասնակցում է խորհրդակցական ձայնի իրավունքով:
ԳՊՀ խորհրդի նախագահն է Սյունիքի մարզպետ Ռոբերտ Ղուկասյանը: